Der er mange forskellige overnatningsmuligheder på Benniksgaard. Foruden de charmerende værelser og suiter i det historiske Stuehus er der også mulighed for at overnatte i Staldene, i Annekset eller i en ferielejlighed. Staldene fungerede frem til år 2000 som stalde for husdyr, men er i dag omdannet til 31 skønne værelser med flotte, fritlagte bjælker.
I Annekset finder du moderne, men hyggelige hotelværelser, der har alt, hvad du har brug for, og de er indrettet i afdæmpet stil. Annekset ligger lige på den anden side af hovedvejen med maksimalt 150 meter til restauranten og klubhuset. Er I en større gruppe eller familie, der ynder at drage på golfrejser sammen, kan I leje en af ferielejlighederne, hvor der er plads til op til seks personer.